Durch die Niederlage Deutschlands im Zweiten Weltkrieg standen die Burschenschafter vor einem Neubeginn. Viele waren gefallen oder saßen in Gefangenenlagern. Nur allmählich konnten die Bundesbrüder wieder miteinander Kontakt aufnehmen. Schon bei der Wiedereröffnung der Universitäten im Jahre 1946 trafen sich Studenten, die burschenschaftlichen Kameradschaften angehört hatten und dafür eintraten, die Burschenschaften wieder ins Leben zu rufen.

In den nächsten Jahren entstand trotz mancher Behinderungen durch die Besatzungsmächte eine große Zahl von burschenschaftlichen Verbindungen, die von den inzwischen wieder tätigen Altherrenverbänden als Aktivitas übernommen wurden. Zur ersten überregionalen Fühlungnahme von 19 burschenschaftlichen Verbindungen kam es im Mai 1949 in Gießen.

Ein vom Burschentag eingesetzter "Neunerrat" arbeitete zusammen mit dem Vorbereitungsausschuß des Altherrentages eine Neufassung der "Grundsätze der Deutschen Burschenschaft" aus und legte sie dem für den 16. Juni 1950 wiederum nach Marburg einberufenen Burschentag vor, der ihnen nahezu unverändert zustimmte. Noch am selben Tage erfolgte dann in aller Form die Wiedererrichtung der Deutschen Burschenschaft mit Wirkung vom 12. Juni 1950, dem 135. Jahrestag ihrer Entstehung. 67 Burschenschaften unterzeichneten sofort die Gründungsurkunde, bis Oktober 1950 erklärten weitere 12 Burschenschaften ihren Beitritt. Erste Vorsitzende Burschenschaft wurde Germania Gießen.

Durch besondere Beschlüsse wurde die Bedeutung des Farbentragens und der Bestimmungsmensur zwar von allen Burschenschaften anerkannt, die Durchführung aber den einzelnen Bünden überlassen. Der Grundsatz des Farbentragens setzte sich - gefördert durch den positiven Ausgang entsprechender gerichtlicher Verfahren - bald allgemein durch. Der Streit um die Ausübung der Bestimmungsmensur jedoch wirkte sich ungünstig auf die gesamte Verbandsarbeit aus. Nicht zuletzt durch das Urteil des Bundesgerichtshofes vom 29. Januar 1953, daß die Bestimmungsmensur weder einen Zweikampf darstelle noch als sittenwidrig anzusehen sei, wurde dem Burschentag 1954 eine endgültige Klärung erleichtert: Jeder aktive Burschenschafter wurde verpflichtet, eine Mensur zu fechten.

Seit ihrer Wiedergründung hat sich die Deutsche Burschenschaft auch mit ihrer eigenen Geschichte kritisch auseinandergesetzt. Viele Jahre lang wurde heftig um das burschenschaftliche Geschichtsbild gerungen. Unstrittig waren stets die Ablehnung jeder Form persönlicher Diskriminierung, der Einsatz für die demokratische Staatsform und das Eintreten für ein einiges Europa in der Gemeinschaft freier Völker.

Im Vordergrund der Hochschulpolitik standen lange Zeit erbitterte Auseinandersetzungen um die öffentliche Anerkennung der Burschenschaften an den Hochschulen. Die zum Teil führende Rolle von Burschenschaftern in vielen Selbstverwaltungskörperschaften von Universität und Hochschule konnte gegen Ende der sechziger Jahre nicht gehalten werden; in jüngster Zeit sind hier erfreuliche Verbesserungen zu verzeichnen, die auch auf eine verstärkte Zusammenarbeit mit Korporationen anderer Verbände auf der Grundlage des 1979/80 erarbeiteten "Bonner Papiers" zurückzuführen sind.

Die Befähigung junger Burschenschafter, Verantwortung an der Hochschule zu übernehmen, wird vor allem durch regionale Fortbildungsveranstaltungen des Verbandes - neuerdings auch durch Seminare der wesentlich von Korporationsstudenten getragenen "Arbeitsgemeinschaft akademischer Verbände" (AaV) - nachhaltig gefördert. Die Arbeit der Deutschen Burschenschaft wird seit mehreren Jahren auch aus Mitteln der Bundesregierung, etwa des Bundesjugendplans, unterstützt. Nur geringfügig später als in der Bundesrepublik Deutschland - am 29. Mai 1952 in Salzburg - gründeten die deutschen Burschenschaften in Österreich ihren Verband, den "Allgemeinen Delegierten-Convent", der sich 1959 in "Deutsche Burschenschaft in Österreich" umbenannte. Durch die Ratifizierung des Welser Arbeits- und Freundschaftsabkommens zwischen der Deutschen Burschenschaft und dem Allgemeinen Delegierten-Convent fand die traditionelle Gemeinsamkeit aller deutschen Burschenschaften 1952/53 einen sichtbaren Ausdruck.

Seit 1959 besteht ein Abkommen der Deutschen Burschenschaft mit dem Bund Chilenischer Burschenschaften (BCB), das auf dem Burschentag 1980 in Celle fortgeschrieben wurde und den Austausch von Stipendiaten verstärkte. Freundschaftlich verbunden ist die Deutsche Burschenschaft seit deren Gründung mit der Deutschen Ingenieur-Burschenschaft. Bestrebungen, alle deutschen Burschenschaften an wissenschaftlichen Hochschulen wie in der Zeit der Weimarer Republik unabhängig von staatlichen Grenzen in einem gemeinsamen Verband zusammenzufassen, führten auf dem Burschentag 1961 in Nürnberg zu einem Antrag auf Fusion der Deutschen Burschenschaft und der Deutschen Burschenschaft in Österreich.